آخوند علی یونسی، وزیر اطلاعات در دولت محمد خاتمي و دستیار ویژه حسن روحانی در امور اقوام و اقلیتهای دینی در گفتوگویی با روزنامه فرهیختگان به طور ضمنی فعالتر شدن دستگاههای اطلاعات موازی همزمان با آغاز به کار دولت حسن روحانی را تایید کرده و گفته است: «موازی کاری برای امنیت ملی کشور خطرناک است.»
در این گفتوگو، علی یونسی «فعالیتهای موازی اطلاعاتی» را «برای امنیت ملی ایران خطرناک» توصیف کرده و گفته است که حکایت فعالیتهای موازی اطلاعاتی «مثل خلبانی است که امنیت هواپیما را عهده دار باشــد و از سوی دو برج مراقبت فرمان بگیرد در حالی که باید نظارت از یک برج مراقبت باشد.»
علی یونسی با اشاره به وجود سازمانهای نظامی و اطلاعاتی مختلف در جمهوری اسلامی گفته است که این سازمانها «در محدوده کار خودشان مطابق قانون اختیار دارند و این مشمول همه سازمانهای نظامی اطلاعاتی است، اما نباید در کار وزارت اطلاعات دخالت کنند، و وزارت اطلاعات هم نباید در کار آنها دخالت کند.»
دستیار حسن روحانی در عین حال تاکید کرده است که «امنیت ملی خارج از محدودههای نظامــی و انتظامی صددرصد در اختیار وزارت اطلاعات است.»

